Candidatura a la Presidencia 1990 y asesinato

 Pizarro planteaba una política nacionalista en la cual la solución de los problemas del país partiera del estudio de la realidad colombiana, siguiendo los lineamientos bolivarianos respecto a una patria latinoamericana con la participación popular y en la que haya equidad social y económica. La política de Pizarro se centraba en la democracia entendida como la tolerancia y el respeto al pluralismo ideológico. Además Pizarro fue conocido como el "Comandante Papito" por su galanura y buen rostro.

Desde su primer día en la vida civil, Pizarro se encontraba con el país, con todas las clases sociales, en las encuestas el M-19 gozaba de gran popularidad, Pizarro convocaba al pueblo bajo el lema de su candidatura primero a la Alcaldia de Bogotá y despues a la Presidencia para el periodo 1990-1994 "Entre todos cambiaremos la historia de Colombia, palabra que sí". Durante la corta campaña, en una locución televisada, Carlos Pizarro concluía:

"Ofrecemos algo elemental, simple y sencillo: que la vida no sea asesinada en primavera"

Como candidato desmovilizado del grupo guerrillero M-19, Pizarro recibió amenazas de atentados. Según la Revista Semana, Pizarro era uno de los hombres más custodiados de Colombia.

El 26 de abril de 1990 Pizarro tomaba un vuelo a Barranquilla durante la campaña presidencial siendo acompañado por su esposa Laura García y escoltas proporcionados por el DAS, al abordar el vuelo, un sicario paramilitar llamado Gerardo Gutiérrez Uribe alias "Jerry"⁶ logró ingresar al mismo avión y en pleno vuelo tras levantarse al baño saco una ametralladora y disparó varias veces al candidato siendo herido de gravedad. El sicario fue neutralizado por los escoltas (aunque se cree también asesinado por un compañero que lo haría escapar) y Pizarro es llevado a la clínica de Cajanal. Tras los esfuerzos médicos, Pizarro murió horas después. Uno de los autores intelectuales fue el ex jefe paramilitar Carlos Castaño de las desmovilizadas Autodefensas Unidas de Colombia (AUC). Su crimen nunca fue totalmente esclarecido e inicialmente se le atribuyó a Pablo Escobar; no obstante años más tarde el crimen sería confesado por paramilitares de las AUC, ejército ilegal armado, sin que se conocieran con claridad las personas y hechos que rodearon el asesinato.

Tras su muerte una multitud colmó la carrera séptima de Bogotá con dirección a la Plaza de Bolívar al grito de "Comandante Pizarro. ¿Hastá cuándo? Hasta siempre".